Данный центр имеет многолетнюю историю.
Впервые в 1978 году при Научно-исследовательском институте земледелия была создана группа по шелководству, на базе которой в 1983 году был учреждён отдел шелководства при Ленинабадской региональной опытной станции сельского хозяйства Института земледелия.
Позже, в 1996 году, была создана опытная станция по шелководству при Институте земледелия, которая в 2017 году была включена в состав Академии сельскохозяйственных наук Таджикистана под названием Республиканская опытная станция по шелководству.
Согласно постановлению Правительства Республики Таджикистан от 31 августа 2020 года, № 487, учреждению было присвоено название:
Республиканский научно-исследовательский центр шелководства Академии сельскохозяйственных наук Таджикистана.